Die Arbeiten an der Konstruktion dieser Gemeinde begann im Jahre 1247 wegen des Podestàs von Massa Marittima und endete im Jahre 1252. Zu der Zeit, das war die einzige Kirche in der Cittanova mittelalterlichen Nachbarschaft und wegen des Bevölkerungswachstums gebaut.
Die Kirche hatte ein einziges Schiff, Traversen und Unterstützungsbögen und spielte die Kathedrale Funktionen, bis der Dom von San Cerbone gebaut wurde.
Im Jahre 1273 gab die Stadt die Kirche zu den Augustiner-Mönchen, die da ein Kloster geschaffen. Aber etwa zwanzig Jahre später zogen sie in die neue Pfarrkirche St. Agostino, direkt nebenan. Vom Ende des achtzehnten Jahrhunderts bis zur zweiten Hälfte des achtzehnten Jahrhunderts war das Gebäude ein Kloster und dann wurde es der Sitz der Kindergärten und Grundschulen Massa Marittima.
Heute ist die Kirche St. Pietro all‘ Orto der Sitz der Terziere di Cittanuova und der Rest des Gebäudes ist als Museum für sakrale Kunst und Museum für mechanische Orgeln gesetzt wird.
In dem Innenhof des „Museo di San Pietro all’Orto“ dürfen standesamtliche Trauungen zelebriert werden.
